Всё это достаточно индивидуально. Думаю, универсального решения нет.
Но...
...прежде всего напомню, что нужно внимательно читать всё, что выводится в консоль в процессе установки и обновления. Если мне не изменяет память, у вас, например, штук шесть непрочитанных новостей от команды разработчиков.
Дерево portage, а вместе с ним и систему, я обновляю два раза в день — при таком графике редко накапливается критическая масса обновлений, способных за раз обвалить систему.
Синхронизирую основное дерево и оверлеи
После окончания хорошо видны вновь появившиеся и обновлённые пакеты.
Затем
emerge -puDNv --with-bdeps=y world
(хотя --with-bdeps=y это уже перфекционизм )
Эта команда покажет необходимые обновления, но ничего не выполняет. Внимательно просматриваю её вывод, по необходимости добавляю-убираю флаги, просматриваю вновь появившиеся пакеты и возможные опции их конфигурации. Запускаю эту же команду без опции -p.
После завершения просматриваю рекомендации консоли. Если нужно обновляю конфигурационные файлы с помощью
Периодически, даже без напоминания консоли, выполняю
Также периодически
С последней командой нужно быть очень осторожным — можно вмиг обрушить систему!
Если есть сомнения в необходимости того или иного пакета, проверяю
equery d СОМНИТЕЛЬНЫЙ_ПАКЕТ
Если всё равно не уверен в правильности своих действий, собираю «бинарник» перед удалением
quickpkg --include-config=y СОМНИТЕЛЬНЫЙ_ПАКЕТ
чтобы потом, в случае неудачи, его можно было легко и быстро вернуть в систему.
Это первое, что вспомнилось, нюансов и вариантов проблем при обновлении много. К счастью, они все решаемые и чем дальше, тем их меньше.
Был, был и весь вышел...