Можно ли посмотреть ВСЮ историю команд?
Или все старые команды (кроме 500,1000) стираются?

Стираются конечно. Покурите man bash на предмет переменных HISTSIZE и прочих.
Ещё может вести лог команда sudo - запрещаем юзеру доступ везде, и даём sudo, в котором это разрешено.