На сколько я знаю, под Линем работают без проблем конвертеры на основе FT232 (фирма FTDI) и CP2101 (Cypress), т.к. дрова уже имеются в дистрибутивах. Про остальные не скажу -- нынче выпускается целое море микросхем и микроконтроллеров с USB интерфейсом.

В Линуксе последовательные порты обозначаются иначе, чем в Венде. Вместо СОМx пишут /dev/ttySx. Счет "х" в Венде начинается с единицы (СОМ1 и далее), а в Линуксе -- с нуля -- /dev/ttyS0 и далее.

Далее. Если у Вас будет стоять такой конвертер интерфейса, вместо /dev/ttySx смело указывайте порт /dev/ttyUSBy (а точнее тот, к какому он присоединился.), Цифру "у" можно узнать выполнив команду dmesg | tail -15.

Если Вы запускаете Вендовую прогу из-под Wine, то пожете создать мягкую ссылку с именем COM1 (для эмуляции СОМ-порта) на /dev/ttyUSBy , тогда у Вас все должно срастить вообще без лишних телодвижений.

Извините, что очень подробно рассказал. Думаю, что не только Вы будете читать это эссе.