смущает папка /usr - и ее 100% использование...

Удалите ненужный софт и библиотеки к нему.
Ну или можно попробовать поставить VMware в домашний каталог пользователя.
Ну или расширить /usr за счет /home (но это потенциально опасная процедура)

Файловая система     1K-блоков      Исп  Доступно  Исп% смонтирована на
/dev/hda1               334460    205559    111633  65% /
tmpfs                  2032096         0   2032096   0% /lib/init/rw
udev                     10240       748      9492   8% /dev
tmpfs                  2032096         0   2032096   0% /dev/shm
/dev/hda9             17734108    375120  16458148   3% /home
/dev/hda8               381138     10307    351153   3% /tmp
/dev/hda5              4806904   4704676         0 100% /usr
/dev/hda6              2885780   1393100   1346092  51% /var
/dev/sda1            488384000 413472444  74911556  85% /mnt/sda1

смущает папка /usr - и ее 100% использование...

А под что это место вообще выделялось?

Оно было зарезервировано по двум причинам:
1) Резерв для рута, что бы обычный пользователь не смог заполнить ФС до конца.
2) Защита от потери производительности при заполнение ФС почти на 100%

man tune2fs
tune2fs -m 0 /dev/sda7

А под что это место вообще выделялось?
Спасибо.

system-root, это не журнал.

Файловая система      Разм  Исп  Дост  Исп% смонтирована на
/dev/sda6              28G  3,5G   23G  14% /
tmpfs                 506M     0  506M   0% /lib/init/rw
udev                   10M  272K  9,8M   3% /dev
tmpfs                 506M  272K  505M   1% /dev/shm
/dev/sda1             183M   48M  126M  28% /boot
/dev/sda7             265G   43G  209G  17% /home
/dev/sdb1              75G   54G   22G  72% /media/System