мне по работе приходится в ней работать, много чего не запустить под линем, а манагеров не переучить (на линуксовые аналоги)

да это понятно. ещё и лень... сам такой 

просто перевод koi8-r<->windows вообще говоря не всегда возможен(если я не ошибаюсь). С другой стороны, может и хорошо, в силу того, что венда умеет делать файлы в ~250 русских букв (имена), и в Linux они копируются, но только в KOI8-R. А вот если перевести в UTF-8, то имя в 200 русских букв займёт 400 байт. А допустимо всего 255.

я поначалу копировал сам архив в шару виндовую, а там винраром распаковывал.

Помогло сразу распаковывать в смонтированную шару (а не копировать и распаковывать под виндой)

дык я это и советовал.

где вы тут видите "скопировать" и "венда"?
я в вообще в венде чайник, в чём и расписываюсь. изучать эту помойку не собираюсь 

ЗЫЖ а зачем вам вообще KOI8-R?
Сейчас она почти нигде не используется. Почему не UTF-8, или вендовая cp1251?

ftp тоже шара смонтированная по cifs, такимже способом как и 1с

в самом таре есть возможность кодировку указать?
или может как сделать?

тар сохраняет имя без изменений. если в имени байты 0xe6 0xe6 0xe6, то они сохранятся.
в koi8-r это "ФФФ", а в этой вашей UTF-8 это кракозябры.

Решение:
смонтируйте локальную шару по cifs, и распакуйте туда.

mount //127.0.0.1/Tune /mnt/1c -t cifs -o iocharset=koi8-r,user=user,pass=pass
cd /mnt/1c/
tar -xvvf имя_архива.tar.gz

mount //192.168.1.31/Tune /mnt/1c -t cifs -o iocharset=koi8-r,user=user,pass=pass
cd /mnt/1c/
tar -czpf /var/1c/`date '+%d.%m.%y'`/oa.tar.gz ЗП-СЭ/ 1с/ЗП-СЭ/ 1с/Копия УСН/
cd ~
umount /mnt/1c

mount //192.168.1.17/Базы /mnt/1c -t cifs -o iocharset=koi8-r,user=user,pass=pass
cd /mnt/1c/
tar -czpf /var/1c/`date '+%d.%m.%y'`/Raisa.tar.gz БухМенедж/ УСН/
cd ~
umount /mnt/1c

машины с базами на винде. После создания архива кодировка в нем плывет. при попытке поменять через iocharset кодировку выводит