qsort (pt, total_lines, sizeof (structure), compare);

struct structure                                  
    {
    char c;
    int words;
    };

structure *pt = (structure*) malloc (total_lines * sizeof(structure));            //разместил массив структур в куче




int compare (const void *p1, const void *p2)       // функция сравнения
    {
    return  ((*(structure*)p1).words - (*(structure*)p2).words);
    }



 ... 


for (int i = 0; i < total_lines; ++i)                    
        {
        qsort (&(pt[i].words), total_lines*sizeof(int), sizeof (int), compare);
        printf ("%d \n", pt[i].words);
        
        }

struct List{
List *next;
int data;
};

// последний эл-т указывает на NULL
// первый эл-т
List *first = NULL;// список вначале пуст

//вставка в нужную позицию
// например список такой 10 20 30 40
// вставляем 27 после 20
void insert(int d)
{
List *p = first;
while(*p && p->next && p->data < d && p->data->next < d)
 p = p->next;
List *n = malloc(sizeof(List));
if(*p)
{
if(p->next)
{
n->next = p->next;
p->next = n;
}
else
// дальше сами, лениво писать

for (int i = 0; i < total_lines; ++i)
        {
                
            int c, words, chars, condition;                
            c = words = chars = 0;                                    
            condition = OUT;
            while ((c = getc (input)) != '\n' && '\r') 
        
            {
                ++chars;
                if (c == ' ' || c == '\n' || c == '\t')
                    condition = OUT;
                else if (condition == OUT) 
                    {
                    condition = IN;
                    ++words;
                    }
            }
            printf ("words:%d chars:%d\n", words, chars);

            words_base[i] = words;
            printf ("%d\n", words_base[i]);
        }