Интересно, а как Вы получили такую сводку по своему файлу?

тыц - ищите да обрящете ..

Результат:
Video stream: 9203.401 kbit/s  (1150425 B/s)  size: 14303620 bytes  12.433 secs  373 frames
Audio stream:  176.400 kbit/s  (22050 B/s)  size: 286650 bytes  13.000 secs

Может быть проблема с количеством фреймов в сек?

ну так на mencoder'е свет клином не сошёлся же , есть ffmpeg , mplayer , transcode в конце концов , они только сообща сила . Вырежьте тем же mplayer отдельно видео , отдельно аудио , а потом смикшируйте в какой вам по душе контейнер и пожмите если надо . Насколько я помню фотики вообше никак видео не обрабатывают , там что вроде :

Format                           : MPEG-4
Format profile                   : QuickTime
Codec ID                         : qt  
File size                        : 257 MiB
Duration                         : 1mn 52s
Overall bit rate                 : 19.2 Mbps
Encoded date                     : UTC 2011-05-25 20:41:56
Tagged date                      : UTC 2011-05-25 20:41:56
Writing library                  : pana

Video
ID                               : 1
Format                           : JPEG
Codec ID                         : jpeg
Duration                         : 1mn 52s
Bit rate mode                    : Variable
Bit rate                         : 18.8 Mbps
Width                            : 1 280 pixels
Height                           : 720 pixels
Display aspect ratio             : 16:9
Frame rate mode                  : Constant
Frame rate                       : 30.000 fps
Compression mode                 : Lossy
Bits/(Pixel*Frame)               : 0.680
Stream size                      : 252 MiB (98%)
Language                         : English
Encoded date                     : UTC 2011-05-25 20:41:56
Tagged date                      : UTC 2011-05-25 20:41:56

Audio
ID                               : 2
Format                           : PCM
Format settings, Endianness      : Big
Format settings, Sign            : Signed
Codec ID                         : twos
Duration                         : 1mn 52s
Bit rate mode                    : Constant
Bit rate                         : 256 Kbps
Channel(s)                       : 1 channel
Sampling rate                    : 16.0 KHz
Bit depth                        : 16 bits
Stream size                      : 3.43 MiB (1%)
Language                         : English
Encoded date                     : UTC 2011-05-25 20:41:56
Tagged date                      : UTC 2011-05-25 20:41:56

это для примера из моего фотоаппарата ..

Насчет avidemux: когда-то пробовал, что-то не получилось. Там, вроде, были проблемы с кодеками. По-моему, он мне только theora предлагал. Потом решил перейти на mencoder. Очень понравился. Видео со своего фотика кодировал без проблем, а главное, в отличие от GUI, он мне нормально говорит, что же я делаю не так. Это было до тех пор, как я не встретил записи с "ковыряющем в носу отверткой оператором" (надеюсь, он не читает этот форум:))

Опция -asinc: mencoder говорит, что у него такой опции нет.

Также, чтоб не вводить людей в заблуждение о правильности настроек кодека, поробовал следующее:
mencoder input.avi -oac copy -ovc copy -noskip -mc 0 -o output.avi

Результат:
Video stream: 9203.401 kbit/s  (1150425 B/s)  size: 14303620 bytes  12.433 secs  373 frames
Audio stream:  176.400 kbit/s  (22050 B/s)  size: 286650 bytes  13.000 secs

Может быть проблема с количеством фреймов в сек?

$ mencoder input.avi -oac copy -ovc lavc -lavcopts vcodec=mpeg4:mbd=2:trell:v4mv:last_pred=2:dia=-1:vmax_b_frames=2:vb_strategy=1:cmp=2:subcmp=3:precmp=0:vqcomp=0.6:vpass=1:vbitrate=2000:threads=2 -noskip  -mc 0 -o output.avi

На выходе:
Video stream: 1983.977 kbit/s  (247997 B/s)  size: 3025565 bytes  12.200 secs  373 frames
Audio stream:  176.400 kbit/s  (22050 B/s)  size: 286650 bytes  13.000 secs

Это видео с фотоаппарата. Все видео с этого фотоаппарата одинаково плохо кодируются

Ссылка:
http://narod.ru/disk/19803126001/input.avi.html