Инициализация интерфейсов и пакетного фильтра в Debian.
В Debian/Ubuntu нет скрипта /etc/init.d/iptables, решение проблемы сохранения-восстановления настроек возложено на пользователя. Рекомендуется поднимать правила по pre-up интерфейса. Можно попробовать поднимать все правила на loopback'е.

Пример /etc/network/interfaces:
auto lo
iface lo inet loopback
pre-up /sbin/iptables-restore < /var/lib/iptables/rules

allow-hotplug eth1
iface eth1 inet static
address IP адресс провайдера
netmask 255.255.255.X
hwaddress ether 00:E0:4C:A2:C4:48
network Х.Х.Х.0
broadcast Х.Х.Х.255
gateway Х.Х.Х.Х
dns-nameservers Х.Х.Х.X Х.Х.Х.Х
up route add -net 192.168.1.0 netmask 255.255.255.0 gw 192.168.17.254 eth0
auto eth1

iface eth0 inet static
address 192.168.Х.Х
netmask 255.255.255.0
up route add -net 10.0.10.0 netmask 255.255.255.0 gw 10.0.0.1 dev $IFACE
up route add -net 10.0.20.0 netmask 255.255.255.0 gw 10.0.0.1 dev $IFACE
up echo Interface $IFACE going up | /usr/bin/logger -t ifup
down echo Interface $IFACE going down | /usr/bin/logger -t ifdown
auto eth0

Запуск iptables можно делать из скриптов в if-down.d, if-post-down.d, if-pre-up.d, if-up.d; например в /etc/network/if-pre-up.d/00-iptables.

PS: allow-hotplug говорит о том что этот интерфейс запускается не через /etc/init.d/networking а через что-то другое. если Вы хотите управлять интерфейсами через скрипт /etc/init.d/networking - замените allow-hotplug на auto.