Понятно,  и еще один вопрос, как удалить установленное *.sh приложение?

Они разные, тут подход индивидуален. Что Вы хотите удалить?

То есть  sudo sh /путь/до/файла.sh  устанавливает приложение и самому папку для установки указывать не надо?

Не надо указывать каталоги для установки из репов. Там все автоматически. В файлах .sh может быть разный сценарий. Может устанавливаться автоматически, может задать вопрос о каталоге установки (напр /usr/local). Ключевое слово здесь - sudo. Используя sudo Вы получаете права root на времы выполнения команды. Естественно, Вам доступны на запись все каталоги.
PS Если у Вас sudo не настроен, в терминале нужно дать команду

У меня по умолчанию все приложения устанавливались в каталог /home/username (устанавливал из репозитариев)

Вот это - как?

А sudo sh /путь/до/файла.sh?

1) В какой каталог устанавливать приложения? Это может быть любой каталог или есть какой-то конкретный для етих целей?
У меня по умолчанию все приложения устанавливались в каталог /home/username (устанавливал из репозитариев).  Возникла необходимость установить приложение размеры которого привысили выделенные для /home/username.

2) Почему войдя в систему под суперпользователем я не имею "прямых" прав на каталоги и паки. Так должно быть?
Вошел в систему под суперпользователем попытался установить приложение в usr/local, не получилось, пришлось все права на каталог присвоить username .

После таких манипуляций не могу примонтировать внешний usb  винчестер и флешки с файловой системой NTFS как раньше - прописав их в fstab, монтирую "вручную" через консоль. Если прописую в  fstab  система выдает сообщение что доступ к файлу fuse ограничен. Да, и еще, мелочь , но тоже не приятно, пропали кнопки выхода из системы, спящего режима))).

Спасибо.