Чудеса.
Так всегда было или место постепенно пропадает?
Покажи вывод
tune2fs -l /dev/sda2

Вот

Кстати позавчера увидел глюки на сервере, зашел увидел большую нагрузку на файловую систему в top параметр wa был за 50% продолжалось минут 10-15, потом все вернулось на свои места и место опять появилось, но сегодня заметил что опять потихоньку пропадает

Чудеса.

Да не совсем. Имею сейчас одну граблю (пока не выковырял её из системы, обхожу аккуратно). Есть на одном хосту клиент glusterfs'а. Который ведет собственный лог. И в у этого клиента (сволочь он такая), если попытаться удалить на гластерном томе некие файлы (временные файлы clamd), то клиент впадает в прострацию, пишет в лог, что не может удалить каталог, поскольку он not empy. Хотя, каталог удаляется... И вот в этой прострации клиент бъется судорожно. И забивает все доступное дисковое пространство своим логом. А самое интересное то, что если этот файл лога удалить, то клиент продолжает писать в этот уже удаленный файл, а не создает при очередной записи новый файл.  И вот этот отсутствующий  файл скушивает место на диске с не меньшим успехом. Остановить эту истерику можно только перезапуском glusterfs'а при отключенном clamd. Так шта...

Крутится на нем CentOS 5ой версии. Все бы хорошо, но заметил что место пропадает, после 7 дней из 896 gb осталось 564gb, думал логи растут, но нет, настроена ротация, на почту никто не спамит, да и письма на сервере не хранятся, да и сами понимаете 300 гб за 7 дней для пачки небольших сайтов это очень много. Размер всех папок около 8 gb где остальное место?

Скрины