Это разработчики этой программы, читай Вики.

Поставь с офф. сайта RPM-ки:
# wget http://64.34.161.181/download/3.5.0/Lin … x86_64.rpm
# wget http://64.34.161.181/download/3.5.0/Lin … x86_64.rpm
# wget http://64.34.161.181/download/3.5.0/Lin … x86_64.rpm

это не та программа
Официальный сайт freenx http://freenx.berlios.de
Да и ip какой-то странный куда это вы меня затащили?

Путём кучи попыток, удалось установить что помогает вот это
отключение селинукс через конфиг, перезагрузка

но что интересно, если затем сделать
включение селинукс через конфиг, перезагрузка, то всё равно работает.
Пропадает после какой-нибудь последующей перезагрузки.

На счет фаера, конечно я отжег)
каюсь...

Ставил из репозитория
Вот так yum install freenx -y
Затем проверил чтобы в файле nxsetup было passwd -u -f, где-то читал что для fedora centos надо так.
Остальное написано в моём первом посте.

как то так,но не факт то что поможет.

Понял, что так задумано с удалёнными пользователями.
Изменять ничего не стал, просто пользуюсь system-config-firewall-tui он не ругается.
Главное теперь понял что это никак не относится к проблеме с freenx

Посмотрел снова логи messages
Заметил что каждые 10 секунд отключалась и подключалась мышка. Переткнул мышь в другой разъём.
Пока что работает freenx.

"org.fedoraproject.slip.dbus.service.PolKit.NotAuthorizedException.org.fedoraproject.config.firewall.auth:"

You can add access for yourself in PolicyKit.  Let's assume you
are user "имя вашего пользователя".  As root:

  root> cd /etc/polkit-1/localauthority/50-local.d
  root> cat > 50-firewall-имя вашего пользователя"-access.pkla << EOF
  [Allow имя вашего пользователя" remote access to system-config-firewall]
  Identity=unix-user:имя вашего пользователя
  Action=org.fedoraproject.config.firewall.auth
  ResultAny=yes
  ResultInactive=yes
  ResultActive=yes
  EOF
  root>

Now try to start system-config-firewall in your remote session.

как то так,но не факт то что поможет.

Мне кажется надо попробовать отключить фаервол, может в нем проблема.

Для проверки файрвола дотаточно зайти на терминальный сервер по ssh. Более того, по приведенным логам видно, что 22-й порт там открыт. Так что не в файрволе дело.

Пока работало, зашёл на машину и заметил одну странность при запуске system-config-firewall
Сразу после экрана приветствия появилась ошибка, "org.fedoraproject.slip.dbus.service.PolKit.NotAuthorizedException.org.fedoraproject.config.firewall.auth:" и две кнопки: "вернуть" - ничего не делает, "выход" - закрывает программу.

Только что поотключал вообще всё, фаервол и селинукс прямо из конфига /etc/selinux/config
всё равно не работает.
Включил всё обратно, перезагрузился - работает
Очень похоже на глюки 
Гуру помогайте

Меня терзают смутные сомнения....

Пробовал я и runlevel 5. Тоже самое.

freenx-0.7.3-9.el6.centos.x86_64
Среда в клиенте таже самая. Фаервол отключал, пробовал. Не помогло.
Хм, а вот selinux не отключал. Надо попробовать.

Извините за глупый вопрос, а что это значить runlevel 3 ?
У меня он имеет значение 5.

3     Multi-User Mode with Networking     Starts the system normally.[5]
5     Start the system normally with appropriate display manager. ( with GUI )     As runlevel 3 + display manager.
http://en.wikipedia.org/wiki/Runlevel

FreeNX у тебя последняя версия?
На сайте разработчика лежит 3.5.0-11

Я когда первый раз установил FreeNX у меня были проблемы как у вас.
Не мог приконектится, появлялся черный экран, а потом он исчезал.
Как оказалось в настройках freenx клиента была не правильно выставлена графическая среда, на серваке был установлен Gnome, а я в клиенте ставил KDE.
Хотя это не ваше решение, потому что у вас до этого все работало.
Мне кажется надо попробовать отключить фаервол, может в нем проблема.