То есть в дистрибутивах будет патч по выпиливанию этого патча что ли?

Просто бинарные пакеты будут собраны с выключенным патчем, для дистрибутивов оглядывающихся на патенты.
Но никто не отменял такие хранилища, как packman в openSUSE или PLF/Tainted/Restricted в мандривах/магеях и тому подобные.

Типа в дистрибутиве ни-ни, а в репе пожалуйста.

Кончилось действие патентов что ли?

Нет.
Поэтому там и будет: "the tiny patch to enable subpixel hinting in Freetype"

Администратор Infinality (автор патча) сообщает, что в дальнейшем, после следующего релиза Freetype2,  он будет поставлять только патчи, реализующие функции автохинтинга и (???)

Разместил здесь, не знаю, тянет ли это на новость, если тянет — переместите в Новости.
И последний пункт несколько непонятен — патч для включения субпиксельного хинтинга, который уже будет включён во Freetype2? Что за фигня?