Наверняка. А для нормальной работы ssh и вообще системы логина некоторые файлы должны быть доступны только руту.

А может какие-то бэкапы можно сделать.
или если вот так сделать
chmod go-w /var/lib/empty

Хотя, непонятно из-за чего конкретно проблема. Но в любом случае делать так для / нельзя было.

я думаю сделалось world-writetable

Мне кажется только полная переустановка остаётся.
Ну и не забудь написать 10000 раз фразу "Я не буду работать под root".

а то что сайт работает.
Получалось ,что под моим пользователем , я не имел доступа к папке с файлами сайта, дали root доступ.
Может если какие-то другие доступы у других пользователей, можно как-то востановить.
Я еще ,блин и вторую сессию закрыл.