Думаю, идея сетевого (сервер+клиенты) антивируса, запускающего проверку скажем 2 раза в неделю при включении компьютера -- удачный вариант.
Или же вариант который предлагал zerg. Только на win машины можно поставить какой-нибуть бесплатный антивирус, типа AWGFree одинакого всех настроить и радоваться жизни.

Небольшая критика. По моему надо делать немного иначе.
1. Любой входящий поток информации должен подвергаться обязательному антивирусному контролю. Поэтому на squid и на почту надо обязательно антивирь ставить. Пусть это будет clamav.
2. Отрубать нафиг USB - идея хорошая и эффективная. Но, увы, далеко не всегда, не на всех компьютерах, применимая. Значит надо иметь "файловый" антивитрус на рабочих местах и на файл-сервере (прежде всего, на рабочих местах).
3. Иметь везде, и на электронном обмене, и на "дискетном" один и тот же антивирь не есть хорошо. Я бы настоятельно порекомендовал ставить антивири разные. Если один пропустит что, то есть надежда, что антивирь другого производителя заразу прихватит.

Далее, тему переименуйте, сделайте ей более читабельный вид, а то  не понятно что и с чем сравниваем, весь потенциал win2k3 или только его некую часть. Давайте с рамками определимся. Для ТС, у Kaspersky есть на этот случай свой  антивирус к примеру. Управлять можно как через cli так и через web gui(доп. модуль к webmin). Так же у kaspersky есть некий контроль центр управления всеми антивирусами в сети, на счет этого есть ли аналог на unix/linux сказать не могу.
Далее, можно выбрать простой и дешевый вариант: squid+clamav+icap+squidguard А на Win машинки ставить антивирус и у пользователей отобрать все права.

NetFlex, вам не работе скучно? инет кто раздаёт? винда или линь?
у вас есть несколько вариантов человеческого решения вашей проблемы
1) ставим на шлюз squid и drweb, всё это заставляем работать вместе, на виндовых машинах отрываем нахрен USB порты, ставим бесплатный антивирь.
плюсы - можно пробухать кучу денег, сэкономленных на drweb  для рабочих станций.

2) ставим drweb интерпрайз, или как он там, сидим и мониторим какую машину опять тупая бухгалтерша убила дочкиной флешкой, становимся win-админом, не задаёмся больше вопросом как drweb консоль прикрутить к линуксу, или как сделать сотовый телефон контроллёром домена

Dr.Web Enterprise Suite стоит в обязательном порядке т.к. это прихоть руководства, убрать usb возможности нет, т.к. через usb и переносится инфа с инет машин в локальную сеть.

2) ставим drweb интерпрайз, или как он там, сидим и мониторим какую машину опять тупая бухгалтерша убила дочкиной флешкой, становимся win-админом, не задаёмся больше вопросом как drweb консоль прикрутить к линуксу, или как сделать сотовый телефон контроллёром домена

Ну и сквида, конечно. Только без вкрученного антивируса. Ибо нахрен. Clamav для файлопомойки и почты.
Да, правила хождения на сквиду с максимальной тиранией составьте (=