Видимо, прописать права на каталог.

Нет. с помощью прав на каталог можно только ограничить доступ, но не настроить видимость каталога в браузере клиента

Например - так как папка home отображается только пользователю владельцу. Как сделать по аналогии для другой папки не совсем понятно.

Есть опция - browseable которая указывает отображать или не отображать папку, но она не позволяет делать это избирательно для конкретных пользователей

Точно знаю что это возможно, так как когда то имел возможность использовать такую возможность в качестве пользователя.