Лучше оставить место на одном из дисков и там сделать boot и swap а корень запихнуть в raid

swap, по-моему, лучше как раз на раиде, если он нулевого, 0+1 или 1+0 уровня, вобщем, если он будет быстрее просто отдельного харда. /boot на раиде вообще не вариант, это верно. А вот корень на раиде вполне реализуемо, но все разделы хардов, которые являются частью раида должны быть первичными для того, чтобы ядро могло автоматически распознать раид, кроме того, драйвер раида должен быть в ядре НЕ модулем. Если это не так, то автоматическое построение раида не будет работать и нужно будет использовать initramfs, в котором должны быть соответствующие модули ядра, юзерспейсовые утилиты (/sbin/mdadm) и настройки раида (/etc/mdadm.conf, если мне не изменяет память). Впрочем, initramfs можно легко сгенерить genkernel'ом.

default=0
timeout=5
splashimage=(hd0,0)/boot/grub/splash.xpm.gz
hiddenmenu
fallback=1
title CentOS6.3 - Master - sdg1
        root (hd0,0)
        kernel /boot/vmlinuz-2.6.32-279.14.1.el6.x86_64 ro root=UUID=a6bde095-269c-44c8-a6a4-fed4035ca3c3 rd_NO_LUKS  KEYBOARDTYPE=pc KEYTABLE=us LANG=en_US.UTF-8 rd_MD_UUID=046ec3ce:3ef18854:21431406:bedbbf28 SYSFONT=latarcyrheb-sun16 crashkernel=auto rd_MD_UUID=c0832d0d:5ed8243b:00215569:e627b400 rd_NO_LVM rd_NO_DM rhgb quiet
        initrd /boot/initramfs-2.6.32-279.14.1.el6.x86_64.img
title CentOS6.3 - Slave - sdh1
        root (hd1,0)
        kernel /boot/vmlinuz-2.6.32-279.14.1.el6.x86_64 ro root=UUID=a6bde095-269c-44c8-a6a4-fed4035ca3c3 rd_NO_LUKS  KEYBOARDTYPE=pc KEYTABLE=us LANG=en_US.UTF-8 rd_MD_UUID=046ec3ce:3ef18854:21431406:bedbbf28 SYSFONT=latarcyrheb-sun16 crashkernel=auto rd_MD_UUID=c0832d0d:5ed8243b:00215569:e627b400 rd_NO_LVM rd_NO_DM rhgb quiet
        initrd /boot/initramfs-2.6.32-279.14.1.el6.x86_64.img

ключевой параметр failback=1

Залил туда систему (Gentoo).
Поставил загрузчик Grub2 на оба физических диска в массиве.

Каким образом мне теперь настроить так чтобы система загружалась
с массива md1 и цепляла корень md2?

Пока он сваливается в rescue, что понятно.