$ ps -ax | grep rtorrent
  957 ?        Ss     0:00 /usr/bin/tmux new-session -d -s rtorrent rtorrent
  958 pts/0    Ssl+   0:00 rtorrent
 2191 pts/1    S+     0:00 grep --color=auto rtorrent

подметил что после рестарта ID процесса всегда меняется больше 2000, тогда всё нормально.

ps -ax | grep rtorrent
 2319 ?        Ss     0:00 /usr/bin/tmux new-session -d -s rtorrent rtorrent
 2320 pts/0    Ssl+   0:00 rtorrent
 2449 pts/2    S+     0:00 grep --color=auto rtorrent

не понятно стартует rtorrent+tmux

Посматрите в списке процессов есть ли rtorrent, Htop, top, или  ps, например:

ps -ax | grep rtorrent

а от root  косячит

Ничего не косячит. Косячит при любом пользователе, но только, если не существуют или не доступны каталоги, прописанные в ~/.rtorrent.rc, и косячит сам rtorrent, а не юнит - юнит просто начинает выходить по ошибке из-за ошибочного завершения rtorrent'а. Поскольку работа в nix'ах из-под root не рекомендуется, даже и в случае запуска через systemd, я Вам и предложил создать пользователя специально для rtorrent. Можно было и Вашего пользователя user использовать, только навести порядок с каталогами для rtorrent в домашнем каталоге пользователя user, и установить правильно права для пользователя user на эти каталоги.

rtorrent.service

Однако, если не существует каталог /home/user/torrent/session, указанный в .rtorrent.rc, то юнит валится с ошибкой.

# systemctl status rtorrent.service

При наличии этого каталога, все работает хорошо.

# systemctl status rtorrent.service

Создайте все каталоги, прописанные в .rtorrent.rc. И можете использовать юнит. А еще лучше создать специального юзера для rtorrent, например, rtor:

Зайдите в каталог /home/rtor и передайте права на каталог torrent пользователю rtor

chown -R rtor.users torrent

Измените в .rtorrent.rc все вхождения /home/user на /home/rtor, а файл .rtorrent.rc перенесите с правами на чтение в /home/rtor

Замените в rtorrent.service параметр User=root на User=rtor, все, перезагружайтесь. Проверяйте после перезагрузки:

# systemctl status rtorrent.service

Все работает.

 cat ~root/.rtorrent.rc
#минимальное число пиров на торрент
min_peers = 1

#максимальное число пиров на торрент 
max_peers = 1000

#максимальная скорость загрузки
download_rate = 0

#максимальная скорость отдачи. 0 - не ограничена
upload_rate = 0

#каталог для сохранения закачек или откуда будут сидироваться торренты.
directory = /home/user/torrent/download/

#каталог куда будет сохраняться состояние торрентов.
#Здесь, в этом примере, они сохраняются в папку  session
session = /home/user/torrent/session/

#rtorrent каждые 5 секунд проверяет этот каталог на новые *.torrent файлы
#и если они есть то ставит их на закачку
schedule = watch_directory,5,5,load_start=/home/user/torrent/torrent_auto_load/*.torrent

#проверяет каталоги 2 и 3 на новые *.torrent файлы и сохраняет закачки в соответствующие папки
schedule = watch_directory_2,5,5,"load_start=/home/user/torrent/torrent_auto_load_2/*.torrent,d.set_directory=/home/user/torrent/download2"
schedule = watch_directory_3,5,5,"load_start=/home/user/torrent/torrent_auto_load_3/*.torrent,d.set_directory=/home/user/torrent/download3"

#номер порта (или нескольких портов) который открывает клиент для обмена данными
port_range = 40890-40890

#случайный выбор порта для обмена данными. В данном случае он отключён
port_random = no

#проверять хэш торрента после закачки
check_hash = yes

#сохранять сессию
session_save = yes

#принимать зашифрованные входящие соединения, устанавливать незашифрованные исходящие соединения, 
#если возвращает ошибку, повторять с шифрованием, предпочитать открытый текст после установления
#зашифрованного соединения
encryption = allow_incoming,enable_retry,prefer_plaintext 

#использовать udp
use_udp_trackers = yes

# Разрешает работу DHT для безтрекерных торрентов или для случаев, когда все ретрекеры лежат 
# (не работают).
# Может принимать значения "disable" (для полного отключения DHT), "off" (не стартует с DHT),
# "auto" (Включает DHT при возможности), или "on" (принудительно включает DHT).
# Значение DHT по умолчанию "off". Для правильной работы DHT каталог сеансов "session" должен
# быть определен.
#  
dht = auto
#
# UDP порт, используемый DHT. 
# 
dht_port = 6881

# Принудительно устанавливает кодировку UTF-8 для xmlrpc. 
# Рекомендуется для устранения проблем при использовании в 
# наименованиях торрентов символов кириллицы. Актуально для
# GUI, работающих через xmlrpc.
encoding_list = UTF-8

#log.execute = /home/user/torrent/rtorrent.log

инструкция Арча https://wiki.archlinux.org/index.php/RTorrent

Я за последние два дня их столько раз удалял, создавал, переименовывал .. второе было с утра первое сейчас, без разницы. все равно не работает.

Ну, тогда давайте попробуем мое предложение. Чтобы не ковыряться мне самому с файлом настроек, скиньте мне свой.

У Вас имя сервиса неправильное, нужно

rtorrent@.service

а у Вас

rtorrent-root.service

Я за последние два дня их столько раз удалял, создавал, переименовывал .. второе было с утра первое сейчас, без разницы. все равно не работает.

В общем c User=%I  по второму варианту все включается, только только без настроек. Получается бесполезно работающая вещь. (((

У Вас имя сервиса неправильное, нужно

rtorrent@.service

а у Вас

rtorrent-root.service

У меня вообще ощущение, что KillMode=none в Opensuse не работает, а в арче пашет.

Давайте сделаем так. Вы мне сбрасываете содержимое файла .rtorrent.rc, можно через ЛС, а я сегодня-завтра пытаюсь разобраться в запуске, потом отписываюсь Вам.

да, есть пользователь user, у него ссылка на файл в /root/ с правами всем читать и всем писать

То есть каталог /root полностью открыт для пользователя user? Или только этот файл? Если только этот файл, пользователь user все равно не прочитает эти настройки, поскольку не попадет в каталог /root