Нагуглил, что возможно проблема с MTU, посоветовали понизить mss.
iptables -t mangle -A INPUT -p tcp --tcp-flags SYN,RST SYN -m tcpmss --mss 1000:1500 -j TCPMSS --set-mss 1000
iptables -t mangle -A OUTPUT -p tcp --tcp-flags SYN,RST SYN -m tcpmss --mss 1000:1500 -j TCPMSS --set-mss 1000Понизил mss для tcp соединений и ситуация немного изменилась - отобразилось первых 3 строки команды top, но потом опять все зависло. 
Есть у кого-нибудь идеи?