Что делали:
Вынесли пользовательские данные на отдельный винчестер, отключили журнал.
Вынесли mysql базы на отдельный ssd.
Уменьшили ionice для ротейта, бекапов.
Обновили httpd-itk с 2.2.23 на 2.2.24.
В целом принятые меры немного помогли, все работает ровно, но только до начала работы процесса с большой дисковой нагрузкой (см. выше). Так же стоит сказать, что диск с пользовательскими данными - обычный десктопный винчестер на 7200 оборотов и с кэшем 16 МБ.

Система centos 6.4, i5, 12 ГБ ОЗУ.
httpd-itk установлен из CentALT
Перед апачем стоит nginx.
На сервере около 1200 сайтов, в основном простые и с небольшой посещаемостью (а то и вовсе без посещаемости). Средний LA в обычные вечера (т.е. когда нет описанного выше скачка нагрузки) - около 2-2.5, средний %wa - 1-10%.

<IfModule itk.c>
StartServers       8
MinSpareServers    5
MaxSpareServers   20
ServerLimit       78
MaxClients        78
MaxRequestsPerChild  1000
</IfModule>

Чуть раньше MaxClients и ServerLimit был 256 и в моменты наступления проблемы LA возростал до 150(!), после расчета и выставления 78 ЛА стал доходить до 35, тупить 5-10 минут и возвращаться в нормальное состояние.

По форумам таких тем масса, но четкого и однозначного решения нет.

В чем проблема, в каком направлении копать? С апачем, который валится при малейшей нагрузке или же с дисковой подсистемой?