при очередном обновлении исправленный скрипт может
быть просто затерт соответствующим файлом из пакета

При очередном обновлении исправленный юнит может быть просто затерт соответствующим файлом из пакета.

здесь речь идет о том, что файл замещается новым(исправленным)

В Slackware никогда конфиги не замещаются, если админ не разрешит
Установшик распаковывает в корень пакет, а там лежит config.conf.new, затем отработает doinst.sh, если config.conf не существует, config.conf.new переименуется в config.conf, иначе проверится неизменность старого и нового конфига, если они идентичны config.conf.new удалится. Если же конфиги различаются, выведется запрос админу, что делать: перезаписать старый конфиг новым, объединить, сохранить старый, или посмотреть чем они отличаются.

(при очередном обновлении исправленный скрипт может
быть просто затерт соответствующим файлом из пакета).

здесь речь идет о том, что файл замещается новым(исправленным)

т.е. команды:
rm -f /etc/rc.d/scr
cp {build}/scr /etc/rc.d/

не отработают что ли?

# chmod -x /etc/rc.d/rc.ntp

Профит.

И ничего при обновлении у меня не затрется.