Проблема возникает из-за того, что во взломанных системах используется старая версия ntoskrnl.exe, которую патчер (или сборка) переименовывают в xNtKrnl.exe и прописывают в поле kernel через bcdedit. Это нужно для того, чтобы система работала с драйвером, эмулирующим SLIC-таблицу. Старая версия ядра не совместима с новыми файлами подсистемы Wow64, из-за этого в 64-битной системе 32-битные программы перестают запускаться. Вины Microsoft здесь нет, они просто не тестировали обновления на ломаных сборках. К слову, если пропатчить новую версию ядра, то система будет работать как положено - это означает, что обновление не нацелено на борьбу с пиратскими системами, просто так сложились звёзды.