Ну это же мелочи. Соединяться с сервером можно десятками разных способов, хоть значком на рабочем столе или на панели.
Можно вообще не ставить графическое окружение а работать с scp и sftp 
Я выбираю ту графическую среду, которая мне больше всего для работы подходит. А иконки на панели исчезают после того как под иконкой Громкоговорителя появляется черный квадратик. Если перезагрузиться то иконки опять появляются (пока черный квадрат снова не появится) Мне кажется что это зависит от размера панели в пикселях и от функции "Расширять до предела" в свойствах панели. Я их менял помнится. По моему если увеличиваешь размер то начиная с 32 такое происходит. Убрал галочку с "Расширять до предела " и поставил размер 27 посмотрим
