С полной переустановкой пакетов графической системы есть пара закавык. Когда вы обновите ядро, а драйвер был не из репозитория, а с сайта производителя, тогда проявится первая закавыка - пакет старого ядра менеджер пакетов удалит, а файл модуля ядра (то, есть, собственно драйвер) останется на том месте, где был. В результате система не сможет инициализировать драйвер, и вам придется при каждом обновлении ядра вручную переустанавливать его. Второй момент - это то, что драйвер заменяет некоторые библиотеки из mesa, иксов на свои, и это приводит к тому, что открытые драйверы перестают нормально работать до тех пор, пока вы не переставите поврежденные пакеты. Ну и есть еще нюанс, касающийся конфигураций с несколькими видеокартами. Дело в том, что libGL.so может быть только одна, и это - корень всех проблем с проприетарными драйверами, которые как раз эту библиотеку любят заменять своей. Как-то так...
Видимо поэтому при обновлении до 13.1 возникла куча проблем. Какие у вас есть рекомендации по вопросу моего случая?
Обычно, чтобы при перестановке не терялись данные пользователей, создают два раздела: корневой (/) и пользовательский (/home). При перестановке надо выбрать форматировать корневой, а /home оставить без изменений.