read -p "Login: " FTPU

Рекомендую предусмотреть возможность задавать параметры переменными окружения, а запрос делать только в случае, когда переменная не установлена:

[ -z "$FTPU" ] && read -p "Login: " FTPU
[ -z "$FTPP" ] && read -s -p 'Password: ' FTPP

Или я вас решительно не понимаю и вы пытаетесь спросить о чем-то совсем другом?

read -s -p 'Password: ' FTPP

Вы про это?

Псевдо код:

1. Run script
2. User Password?
3. Accepted/ Rejected.
4. Execute....

ncftp -u"$FTPU" -p"$FTPP" $FTPS<<EOF
mkdir $FTPD
mkdir $FTPD/$NOW
cd $FTPD/$NOW
lcd $BACKUP
mput *
quit
EOF

Спасибо!