И еще вопрос, wine uninstaller показывает приложения которые я уже удалил, но удалял только их папки, не через деинстолятор, пробую уже удаленные удалить через wine uninstaller

Если хотите корректно удалять в wine, то нужно делать это корректно.
1. wine uninstaller
2. Тут можно уже удалять папку
3. Отредактировать меню, так как пока программы умеют устанавливаться на рабочий стол и в меню, а вот самостоятельно удаляться пока не умеют.

Все что один раз устанавливалось с помощью winetricks как правило хранится если память не изменяет в папке ~/.cache/winetricks
Поэтому при повторной установке с помощью winetricks оно установится сразу без повторной загрузки.

подскажите в какой папке хранятся загруженные библиотеки (настройки) из статьи Часть 3. Настройка WiNE в 13.04 ?

как определите WINEPREFIX

Здесь:

дефолтный ~/.wine/

PS: это каталог, а НЕ папка.

Вы через браузер работающий в wine почту проверяете?

Если бы. Работаю в Google Chrome, у него встроенный флеш плеер, браузер не запускаю в wine. В Хроме показывает версию флеш 13,0,0,206 , вот не понятно почему так, ведь для линукс систем последняя версия - 11.2.202.356 .
Может это из-за Pipelight ? Отключить этот Pipelight ?
И еще вопрос, wine uninstaller показывает приложения которые я уже удалил, но удалял только их папки, не через деинстолятор, пробую уже удаленные удалить через wine uninstaller, так он предлагает удалить Firefox (тот у меня стоит в wine) либо предлагает удалить .Framework 2.0 , соглашаться на удаление?

Окно с установкой Shockwave выскакивает каждый раз при открытии браузера и при посещении некоторых сайтов, например всегда появляется при посещении почты gmail.com , при этом браузер начинает подвисать.

Вы через браузер работающий в wine почту проверяете?
Настраивайте браузер или установите флеш.
Современные веб-страницы содержат код, который при отсутствии флеш-плеера обязательно будет ломиться и скачивать его.
Тут ничего не поделаешь.

wine uninstaller

В списке нет shockwave (а так же его нет и в winestricks).
Kubuntu 14.04 x64 , wine с настройками Цикл «Переходим на Ubuntu вместе» , PlayOnLinux и подобные не устанавливал. Установил Unity 3D Web Player на Linux через Pipelight .
Окно с установкой Shockwave выскакивает каждый раз при открытии браузера и при посещении некоторых сайтов, например всегда появляется при посещении почты gmail.com , при этом браузер начинает подвисать.

Выполните в консоли:

Но если этот компонент требуется неким другим приложением то нужно разбираться каким.

Не стоит задавать свой вопрос в чужой теме, если он не имеет отношения к ней.
// Rizado