И не забывать накатывать обновления, если они нужны.

это должно быть частью той самой политики

Интересует, как поддерживать систему в актуальном состоянии, что необходимо и как часто выполнять? обновления пакетов, чистка системы, настройка логов и т.д.

все зависит от политики организации. главное такую политику иметь, и применять конечно же.

Интересует, как поддерживать систему в актуальном состоянии, что необходимо и как часто выполнять? обновления пакетов, чистка системы, настройка логов и т.д.
заранее благодарен за рекомендации.

прежде всего надо красной краской поперек стены написать следущее:
Не сломалось - не чини.
Чуть ниже - не тронь технику, она и не подведет
Еще ниже - Не мешай машине работать

Так что если имеешь настроенную и проверенную конфигурацию, то и пользуй её. Так как вполне может на вполне рядовом обновлении оси, коих было до того немало, произойти форменная катастрофа. С порушением всех твоих бесценных данных. Имею личный опыт после тривиального yum update.

Так что первое с чего надо начать подготовку в вводу системы в эксплуатацию - это разворачивание подсистемы архивирования пользовательских данных и конфигов. Никогда бэкап лишним не бывает. Систему накатить можно быстро, а вот погибшие данные - не восстановишь. Так что - не подготовил, не включил архивирование - дальше ни шагу.

Ну а для минимального гимора с поддержкой:
1. поставь в систему yum-cron и настрой в нём периодичность обновления системы.
2. выяви все твои пакеты, которые зависят от версии ядра (например, vboxdrv, etercifs или drbd) и напиши простенький скриптик, который определит, не изменилась ли при нынешней загрузке версия ядра и если изменилась, то перекомпилирует на новое ядро эти зависимые пакеты. И вызывай его из, например, /etc/rc.d/rc.local.
3. Изучи logrotate. И настрой его, чтобы логи не пухли до бесконечных гигабайт.
4. Заведи "журнал" обслуживания системы. В который руками записывай что именно делал, что ставил, с какой такой вражеской целью и как именно настраивал. Фиксируй в нём свои шаги. Этот журнал будет полезен для быстрого восстановления системы, случись что. Не ленись описывать подробно свою систему. Это поможет и другим админам, которые тебе на смену могут прийти.

После этого в хосту можно и не подходить. Он будет жить своей жизнью.