что именно он в данном случае сделал и, главное, с какой целью?

Просто провёл ежедневную проверку по расписанию, заданному в его настройках.

С целью, например, проверить на руткиты(при этом должны быть установлены соответствующие программы).

Подробности: https://wiki.mageia.org/en/Msec

С MSEC можно поступить по разному:
1) Настроить его: MCC - вкладка Безопасность - Настройка безопасности, прав доступа и аудита системы
2) Отключить его - там же - снять галку
3) Удалить его(после отключения)