Но вопрос попутный. Что с этим делать?

Читать что написано:

и выполнить.

emerge @preserved-rebuild -av1

Заместо этой команды можете использовать

revdep-rebuild -i

из состава пакета app-portage/gentoolkit

revdep-rebuild всё ещё лучше ловит проблемы с линковкой библиотек.

UDP:

Так делать неправильно. Сейчас вы вручную задействовали флаг mysqli и пересобрали php, при следующем обновлении системы, т.е выполнении, например,

emerge -auvDN world

или просто при пересборке php флаг mysqli, активированный путём ручного указания переменной окружения USE учитываться не будет и как следствие вам придётся заново вручную указывать переменную окружения USE, что при выполнении обновления мира целиком заставит задействовать указанный флаг у всех установленных сейчас в системе пакетов. Если флаг не указать, то php при пересборке (обнволении) мира или переустановке пакета будет пересобран без опций, которые задействует флаг mysqli. Поэтому задействование флага нужно делать либо в make.conf, если он вам нужен глобально, либо в package.use, для конкретного пакета:

echo dev-lang/php mysqli >> /etc/portage/package.use

или

echo dev-lang/php mysqli >> /etc/portage/package.use/php

Почитайте уже документацию по Gentoo, действовать нахрапом здесь не получится разобраться и правильно действовать. Возьмите за правило при изменении флагов пакета не использовать переменную окружения USE, а лишь make.conf или package.use.

Удачи.

Но вопрос попутный. Что с этим делать?

http://wiki.gentoo.org/wiki/Preserve-libs

если кратко, то сделай emerge -1 @preserved-rebuild, как portage и пишет

Но вопрос попутный. Что с этим делать?

 * Regenerating GNU info directory index...
 * Processed 95 info files.

!!! existing preserved libs:
>>> package: dev-db/mysql-5.5.40
 *  - /usr/lib64/libmysqlclient.so.16
 *  - /usr/lib64/mysql/libmysqlclient.so.16
 *  - /usr/lib64/mysql/libmysqlclient.so.16.0.0
 *      used by /usr/lib64/perl5/vendor_perl/5.12.4/x86_64-linux/auto/DBD/mysql/mysql.so (dev-perl/DBD-mysql-4.20.0)
Use emerge @preserved-rebuild to rebuild packages using these libraries

 * IMPORTANT: 15 config files in '/etc' need updating.
 * See the CONFIGURATION FILES section of the emerge
 * man page to learn how to update config files.

 * IMPORTANT: 5 news items need reading for repository 'gentoo'.
 * Use eselect news to read news items.

Не помогло

Проверка настроек стопорится на "Проверка функции MySQLi    Вы должны установить улучшенное расширение MySQL для PHP."

Что ему от меня надо?