Лезть в CSS темы?

Да . Я когда ковырял гномощель так и сделал. В fedora это вроде как /usr/share/gnome-shell/theme/gnome-shell.css. Заменой в gedit нашел "cantarell" и заменил на "ubuntu".

4. Можно, на самом деле в ручном режиме, правкой файлов расширений

Да, но в этом и парадокс. С одной стороны, Gnome Shell создавался для максимальной простоты, понятности и удобства. Но при этом настроить его под себя можно только установив кучу подпорок. Где-то полгода назад я из интереса в течение недели ковырял Ubuntu 14.04 Gnome, хотел навести неземную красоту Впечатления неоднозначные. Много приходится сидеть в dconf-editor, много требуется доустановить расширений. Часть расширений не работает с новым Gnome 3.14, другие в принципе уже давно не работают. Иногда приходится ставить по 3-4 расширения для одной функции и выискивать, какое в итоге заработает.
С кнопками в заголовке окна тоже интересно вышло. Окна с GtkHeaderBars настраиваются в dconf в одном месте, а остальные окна с Metacity - в другом. Если поменять порядок кнопок, то на многих темах они вообще перестают отображаться, хотя нажимаются.
Потом в Gnome 3.x полный швах с уведомлениями. Я смотрю на десктоп и не понимаю, запущен ли у меня IM-клиент, есть ли непрочитанные сообщения - нужно тянуть нижний край экрана. ОК, исправил это, вернул Empathy в верхнюю панель, к остальным значкам.
Через какое-то время прочитал статью в гномовском блоге о том, что системный лоток "не нужен", и как результат, часть приложений интегрируется старыми значками, а часть - новыми. Не все индикаторы хотят отображаться на панели Gnome. Ну и потом: как мне настроить шрифт на панели? Лезть в CSS темы?
Ну и зачем обычному юзеру всё это? А ведь через какое-то время выйдет новый Gnome, из-за которого:
- поломается часть моих расширений.
- поломается GTK3-тема
И часть работы придётся переделывать.

1. Из Тотема выпилили плейлисты.
2. Ibus этот приходится лечить по-разному в каждом дистрибутиве, иначе не будет вам никакого Ctrl+Shift/Alt+Shift.
3. Gtk header bars внедрили - и внезапно 90% не-гномовских программ стали выглядеть как неродные.
4.  На верхней панели нельзя менять порядок расширений.

1. Я лично выпиливаю Totem сразу после установки, ибо убог и ненужен, так что не напрягает.
2. УМВР из коробки
3. Координальное изменение интерфейса, ничего не поделаешь, со временем я думаю всё устроится. Лично мне это изменение по душе, и не-гномовские программы выдержаны в той-же стилистике не сильно отличаются, спасибо хорошей теме.
4. Можно, на самом деле в ручном режиме, правкой файлов расширений. Да и готовые для этих целей расширения по-моему есть, где-то я это видел.

Примеры будут конкретные?

1. Из Тотема выпилили плейлисты.
2. Ibus этот приходится лечить по-разному в каждом дистрибутиве, иначе не будет вам никакого Ctrl+Shift/Alt+Shift.
3. Gtk header bars внедрили - и внезапно 90% не-гномовских программ стали выглядеть как неродные.
4.  На верхней панели нельзя менять порядок расширений.

Неоднократно слышал, что выпиливают функционал. Настроек явно меньше, по сравнению с gnome2 (сравнивал с MATE)

Загрузил Mate в виртуалку, не увидел ничего недостающего, в Gnome3 всё то же самое, только организовано чуть иначе, более продуманно я бы сказал, без дублирования. Древовидного просмотра в боковой панели действительно нет, но я его никогда и не юзал, мне это никогда не казалось удобным, к тому же древовидный просмотр каталогов при желании включается в основном окне, так что это скорее оптимизация. Единственное что экстра панели нет, но это тоже необязательная опция на любителя, при необходимости можно открыть ещё одно окно рядышком. В гномотерминале тоже весь функционал на месте.

Что именно выпилено из наутилуса

Древовидный вид на боковой панели, компактный вид каталогов. Это, кстати, стало одной из причин создания форка, Nemo, используемого в Cinnamon. И наверняка что-то еще было выпилено (не в фм, так в других утилитах), о чем я не в курсе, ибо не слежу. GNOME-разработчики же писали сами, что у них новая концепция интерфейса, избавляются о "перегруженности", все дела.

И "урезали функционал" и "ничего нового не добавили" это две большие разницы, не?

Неоднократно слышал, что выпиливают функционал. Настроек явно меньше, по сравнению с gnome2 (сравнивал с MATE)

Но явно ничего нового не добавили.

А зачем? Там всего достаточно, на мой взгляд, а если будет нужно то и добавят. И "урезали функционал" и "ничего нового не добавили" это две большие разницы, не?

Примеры будут конкретные? Что именно выпилено из наутилуса и терминала в сравнении с гном2?

Но явно ничего нового не добавили.

Да. Примером могут служить nautilus и терминал.

Примеры будут конкретные? Что именно выпилено из наутилуса и терминала в сравнении с гном2?

Часто сообщения попадаются что там выпиливают функционал из программ, это действительно так ?

Да. Примером могут служить nautilus и терминал.