подключён дополнительный PPA. И обновляю я только в том случае, если обновление устанавливается именно из этого PPA

Согласен. У меня такой ситуации нет и такой вариант мне даже не пришел в голову.

То, что установлено, обновляться должно обязательно.

Соглашусь с вами лишь частично.
На моём примере (как раз таки в Linux Mint):
Установлен пропатченный xserver, суть патча - переключение раскладки по отпусканию клавиш, а не по нажатию. Для этого подключён дополнительный PPA. И обновляю я только в том случае, если обновление устанавливается именно из этого PPA, иначе удобное переключение пропадёт и отвалится ряд горячих клавиш.
Я не отрицаю необходимость обновлений, но в отдельных случаях не буду с ними спешить.

у меня обновляется всё, что приходит

То, что не установлено, обновляться не может.
То, что установлено, обновляться должно обязательно.

обновлять только то, что установлено

Обновляется именно то, что у Вас установлено.

А откуда менеджер пакетов должен знать, пользуетесь ли Вы FireFox?

Если Вы сегодня им не пользуетесь и его не обновляете, завтра может возникнуть ситуация, когда Вы запустите установленный у Вас в системе и не обновленный FireFox с неустраненными уязвимостями и, тем самым, подвергнете свою систему опасности. Если Вы не пользуетесь программой и Вас раздражает, что она обновляется, удалите ее из системы и проблема исчезнет.

Но удаляйте только те пакеты, назначение которых Вы точно знаете и ТОЧНО знаете, что они не используются системой. Иначе неприятные сюрпризы гарантированы.