ну так гляньте чем открывает его Ubuntu, я вообще плохо понимаю при чем здесь VMW

Описание файла .bundle на русском    Подключаемый модуль приложения (Mac OS X)

В Ubuntu при щелчке в nautiluse предлагается: открыть файл или запустить т.к. он исполняемый согласно свойства. На сайте VMware нет пакетов rpm и deb, а только бинари (.bundle)

ассоциировать файл с приложением которое его открывает, при этом не нужно никакого "Разрешить выполнение файла как программы"

С каким приложением? Файл то бинарный!