написано просто и доступно: http://www.linux.org.ru/wiki/en/32_или_64_бита
я выбрал x86_64, проблем не имею (если не считать проблем, созданных профилем no-multilib, но для федоры не актуально)

Хоть и закрыто, но добавлю из скромного личного опыта. Я бы обратил пристальное внимание на то, что есть проблемы в 64х-битной версии с запусков wine. Точнее - 32х битное приложение Windows (тот же 1С) очень хочет иметь под собой 32х битный wine. Который, конечно, ставится в 64х битную ось, но потом начинаются пляски с бубнами вокруг всяких зависимостей.
Сейчас я пошел бы по такому пути: на сервера ставить 64х разрядную ось и кормить их памятью. Если на них нужна 32х битная операционка, то решение искать на пути виртуализации. А на десктопах, где вряд ли будет больше 4 гектар памяти,  в настоящее время и обозримое будущее за глаза хватит 32х битных операционок.