UPD:
порывшись в портэже, нашел:

* dev-java/easyneurons
     Available versions:  2.2 2.3 {elibc_FreeBSD source}
     Homepage:            http://neuroph.sourceforge.net/
     Description:         GUI neural network editor for neuroph

* dev-java/neuroph
     Available versions:  2.2 2.3 (~)2.3.1 {doc elibc_FreeBSD source}
     Homepage:            http://neuroph.sourceforge.net/
     Description:         A lightweight Java neural network framework

* sci-mathematics/fann
     Available versions:  (~)2.0.0 (~)2.1.0_beta {doc python}
     Installed versions:  2.1.0_beta(11:02:20 PM 08/15/2010)(doc python)
     Homepage:            http://leenissen.dk/fann/
     Description:         Fast Artificial Neural Network Library

* sci-mathematics/snns
     Available versions:  4.2-r8 {X doc python}
     Homepage:            http://www-ra.informatik.uni-tuebingen.de/SNNS/
     Description:         Stuttgart Neural Network Simulator

Предупреждаю: с сетями не работал, но предстоит - готовлюсь))