Выяснил, что в Fedora вместо gksu используется beesu. Осталось разобраться как с ней работать.

может лучше задумаетесь, почему так настойчиво не рекомендуют работать с правами рута?

Как можно стартовать Nautilus под root не используя командную строку (sudo nauilus)?

Вам мой совет, заканчивайте  баловаться GUI под root, до добра это не доведет. 

Gooddy пишет:

Но в Fedora 13 его нет.

Возможно подойдёт gksu из RHEL
ftp://fr2.rpmfind.net/linux/dag/redhat/ … x86_64.rpm

скорее всего не подойдет, RHEL5 то ли на F6, то ли на F7 базируется

Но в Fedora 13 его нет.

Возможно подойдёт gksu из RHEL
ftp://fr2.rpmfind.net/linux/dag/redhat/ … x86_64.rpm

использовать графические версии sudo

а именно gksudo

Как можно стартовать Nautilus под root не используя командную строку (sudo nauilus)?

1) сделать ярлык, в котором прописать sudo nautilus
2) использовать графические версии sudo

Этим вы быстро угробите систему!