Naymnik, я правильно понял, что Вы не трогали домашний раздел? Тогда, чтобы разобраться, что именно намутили старые конфиги, создайте ещё одного пользователя с нуля по дефолту и смотрите разницу. Например, уж слайд-шоу там точно по умолчанию.
Модем - как запускали? В 4 не пробовал, в 3 совершенно спокойно: тыкаете правой мышью в NetApplet и смотрите активные устройства. Он должен опознаться как телефонный модем. Ну там и подключаете.
Стиль - из выпадающего меню. Вот насчёт добавить ещё какой - не в курсе, никогда нужды не было, Oxygen более чем устраивает. А вот с оформлением окон - играйте вволю, тем вагон.
Рабочий стол на месте. Значки видимо не в том месте, где были в конфигах. Ссылка на приложение ЕСТЬ. Правой мышью по столу - первый пункт меню Создать - Ссылку на приложение. Ну это если тип комнаты не меняли. Она должна быть "Папка", а не что ни будь иное.
Скайп из какой папки должен стартовать?