У меня пару лет назад была очень похожая ситуация - проблема была в том, что CentOS ставил с флэшки, и загрузчик привязывался к ней (за давностью уже забыл что именно - то ли MBR, то ли в grub.conf неверное устройство root было прописано). Тот сервак у меня загружался только при наличии той самой флэшки в порту, а без неё - после POST мигающий курсор в левом верхнем углу и тишина. После перенацеливания загрузчика на собранный фэйк-рэйд (позже переделанный в классический софт-рэйд) сервер работал без нареканий.