Не совсем корректно. makepkg работает с PKGBUILD-файлами 
Последовательностость действий следующая.
Если ранее не был установлен abs и не было скачано дерево:

pacman -S abs && abs 

Далее создать каталог для изменённого пакета(в данном примере /var/abs/local/nginx/, но можно и куда-нибудь в домашний каталог, дабы не собирать пакет от рута)  и скопировать туда все файлы из /var/abs/community/nginx/

mkdir -p /var/abs/local/nginx/
cp /var/abs/community/nginx/* /var/abs/local/nginx/
cd   /var/abs/local/nginx/ 

И отредактировать PKGBUILD.

vim PKGBUILD

(вместо vim - ваш любимый текстовый редактор)
Заменив эту часть:

build() {
    cd "$srcdir"/$pkgname-$pkgver

    ./configure \ 

Как-нибудь так:

build() {
    cd "$srcdir"/$pkgname-$pkgver

    ./configure --with-debug \ 

Только после чего выполнить makepkg, скорей всего доустановить нужные зависимости, дождаться окончания компиляции и установить пакет через pacman -U

https://wiki.archlinux.org/index.php/Ar … 8%D0%B9%29