Изначально для сайта был выбран режим "PHP как модуль Apache", была проблема такого рода: если файл создан php-скриптом, то владельцем назначался юзер, от имени которого запускался апач, причем с правами 644, то есть владелец хоста не мог их редактировать и удалять этот файл.

Сменил режим на CGI, файлы созданные скриптом начали создаваться от имени пользователя, но возникла новая беда - при попытке загрузки файла возникала ошибка 401, проблема была в недоступности для текущего пользователя каталога временных файлов (прав не хватало). Сменил каталог на доступный и теперь новая проблема - загружаются только файлы размером до 100К, загрузка файлов большего размера вызывает ошибку 500.

memory_limit 128M
post_max_size 8M
upload_max_filesize 8M

Где еще можно поковыряться?