Mailbox - необходимо процессу лочить файл, т.е. пока принимаем доставлять не можем + могут быть слишком большого размера файлы, что затрудняет администрирование ящиков.
Maildir - пока получаем можем доставлять, но может быть большое количество файлов (расход инодов + долгое перечитывание + необходима сортировка), зато простое администрирование ящиков - отобрать/удалить и т.п. сообщение не составляет труда.
(sql не рассматривается)
