маленькая поправочка...
для с++ я использую g++

  Это НЕ компилирование. Это - архивирование.

Если нужно срочно - ищи в инете все связанное с пакетами и CLASSPATH. Или подожди, я мануал небольшой накидаю. Только у меня сейчас по плану ужин, чай, курить. Как говорится война войной... wink

lion69,
А не проще поставить какой-либо IDE типа Eclipse и не мучиться?

lion69,
Тогда прав mycetophylax, читайте про пакеты и CLASSPATH

Все дело в том, что ищется не файл Main.class, а класс Main.
Поиском классов занимаются загрузчики классов (ClassLoaders). Всего их три штуки (это не совсем верно, т.к. на самом деле можно написать свой собственный загрузчик, но чтобы сильно не усложнять и не забивать мозги пока не нужными сведениями про них я больше ничего писать не буду):
     1. Bootstrap classloader - базовый загрузчик (обычно переводят так).
     2. Extension classloader - загрузчик расширений.
     3. Application classloader (часто называют system classloader, но мне почему-то больше нравится первый вариант, т.к. он "загружает приложения" wink).

Bootstrap classloader ищет и загружает "стандартные" классы (приведу несколько для примера: System, Double, JFrame и т.д.) из /jre/lib. Extension classloader ищет классы расширений в jre/lib/ext.
И, наконец, интересующий нас в данный момент Application classloader. Он ищет классы там, куда указывает переменная CLASSPATH. Т.е. именно он загружает написанные тобой классы. По умолчанию CLASSPATH=".", т.е. текущая директория. Поэтому запуск

java /home/name/project/Main

и выдает ошибку

Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: /home/name/project/Main (wrong name: Main)

Для того, чтобы указать, где искать классы можно установить значение переменной CLASSPATH

export CLASSPATH=/home/name/project

А после этого спокойно запускать

java Main

Или передать параметр при запуске:

java -classpath /home/name/project Main
короткая запись
java -cp /home/name/project Main

P.S. Сработает, только если твой класс находится в пакете по-умолчанию. Про пакеты скоро будет.

Не стоит. Используй sunовскую java.

Для плавного перехода к пакетам цитирую себя

Вообще-то правильнее было написать вот так:

Запись вида "java.lang.System" означает класс System из пакета java.lang. Грубо говоря, пакет - это набор классов. В основном пакеты используются для устранения конфликта имен, например, если несколько программистов назовут свои классы одинаково - "Main".

Чтобы поместить класс в пакет, необходимо в первой строке написать:

package ru.linuxforum.lion69;

Если такой строчки в файле нет, то считается, что класс находится в пакете по умолчанию
Sun рекомендуют для названия пакетов использовать доменное имя записанное наоборот.

Для примера напишу простейший класс Main (название оставлю твое).

package ru.linuxforum.lion69;

public class Main{
    public static void main(String[] args){
        System.out.println("Всем привет!!!");
    }
}

Это файл нужно обязательно поместить в ru/linuxforum/lion69, т.е. в подкаталог, путь к которому совпадает с названием пакета:

ru.linuxforum.lion69
ru/linuxforum/lion69

Т.е. если раньше твой файл лежал тут

/home/name/project/Main.java

то после включения его в пакет, он должен располагаться так:

/home/name/project/ru/linuxforum/lion69/Main.java

Теперь для компиляции выполняется следующая команда, если текущим является каталог, в котором лежит Main.java (/home/name/project/ru/linuxforum/lion69):

javac -cp /home/name/project Main.java

Да-да, именно так wink. Компилятору тоже нужно указывать CLASSPATH, хотя в данном примере в этом нет необходимости. Но чем раньше приучишь себя к этому, тем лучше и легче будет в будущем.

Запуск

java -cp /home/name/project ru.linuxforum.lion69.Main

Теперь необходимо передавать полное имя класса, вместе с пакетом.

P.S. Ты еще не передумал компилировать все "ручками?" 

мдам.... мне очень редко кто так класно все обьясняет.....
большое списибо....
и еще маленький вопрос.....
jar -cvf Main.jar .*class
так упаковывать можно?

ок....
и еще

Странно... Писали долго и до сих пор не слышали про CLASSPATH и packages?