Только папке .wine.
Вирусы под линь теоретически есть, но чтобы их найти и пострадать от них, нужно приложить немалые усилия.

:lol:

Ага, и с комментариями в коде по-русски.

А смысл есть антивирус ставить ?  Я нашёл - Dr.Web есть.

Но с папки .wine идут линки на папки с картинками, музыкой, видео

ClamAV защитит от всего ?

И так, начнём заново. Что такое Wine. Как сообщает о себе сама это программа- это не эмулятор Windows!!! Приложения запущенные под Wine запускаются только самим пользователем. То есть, сама папка Wine и его приложения живут и существуют на Linux FS!!! Покажите мне виндовый вирус, который бы мог свободно перемещаться и копироваться под файловой системой Linux. Я пока таких не встречал. Даже если приложение запущенное в Wine (ICQ, Office..., или ещё что Вы там запустите) подхватит вирус, Вам и сам вирус нужно будет запустить, так же под Wine.

Далее о корне вопроса, о вирусах вообще в системе linux. Как выше писалось, самый страшный вирус под Linux- это кривизна рук пользователя, но так же не забывайте о Linux rootkit`ах коих очень много, но с ними бороться легко, пароли помудрёнее придумывайте и всё. Так же есть браузерные дыры, коих в каждом браузере много, но это уже не Linux вирусы. 

Использовал однажды ClamAV, но не для Linux, а что бы разделы Windows проверять 

Неее ну это утрировано, их намного больше, кстати, не хочу никого обидеть, но репозитарии Ubuntu частенько страдают от этого, ну имеется ввиду сторонние, ну тут опять же, всё зависит от пользователя 

Плюсую.
Поставить rkhunter - и время от времени запускать оный. Сканирование с помощью rkhunter запускается командой:

Также имеется аналогичная программа chkrootkit. Но она считается менее мощной, чем предыдущая.
Тем не менее, можно также взять на заметку .

А лучше сразу после установки. Если ничего не путаю, то он хэш сумму считает.

да, но есть такое понятие как атака по IP

Единственный более-менее опасный "вирус" под линем - это небезызвестный скрипт на перле, который шибко умные доброжелатели суют новичкам как панацею от всех проблем. На самом деле он выполняет конечно же rm -rf Существует мнение, что админ стоплинукса как раз после "заражения" таким вирусом по совету на форуме, перешел обратно на винду и основал вышеназваный ресурс.  
А настоящих вирусов под линь за всю историю написано около ста голов. Чтобы они нанесли какой-либо вред, их нужно сначала вручную запустить. Более того, нужно запустить их необходимо с правами суперпользователя. Случайно ими заразиться  невозможно, т.к. дырки, которые они используют залатаны.

В итоге получаем, что лучший антивирус в лине - внимательность. А антивирусы в основном используют на серверах под линем, чтобы виндовые клиенты всякую пакость не ловили.

ClamAV чаще всего используется на почтовых серверах, а вообще уже есть популярные виндовые антивирусы под линукс, яркий тому пример nod32 и avast. Avast юзал в качестве сканера на вирусы буквально пару месяцев назад - итог за 2 года в моей системе никаких бяк не обноруженно.