tyrnov, отключите всю ветку «Device Drivers» — «ATA/ATAPI/MFM/RLL support (DEPRECATED)», т. е.

zegrep CONFIG_IDE /proc/config.gz
# CONFIG_IDE is not set

tyrnov, это я показал, как должно стать, т. е. вы должны пересобрать ядро, полностью исключив данную ветку.

Сам я этим скриптом в силу личных причин не пользуюсь, но, если мне не изменяет память, при его запуске можно указать опцию --menuconfig, тогда появится возможность непосредственно перед сборкой провести необходимые настройки конфигурационного файла ядра.

tyrnov, опять же, если мне не изменяет память, genkernel добавляя новое ядро в загрузку, сохраняет возможность запуска старого. После того, как genkernel «отработает», покажите /boot/grub/grub.conf.

tyrnov, покажите из-под рабочего ядра

lspci -k | egrep 'ATA|IDE' -A 2

и в новом конфигурационном файле

egrep 'ATA|FS_' /usr/src/linux/.config

и /boot/grub/grub.conf
и

fdisk -l

tyrnov, предлагаю в профиле найти мой адрес в jabber, тогда гораздо быстрее решим вашу проблему.

tyrnov, у genkernel есть еще опция --oldconfig, надо было использовать и её.
genkernel облегчает сборку ядра, но не заменяет пользователя

Ну или хотя отредактировать grub.conf. Повторю: старое ядро не должно было никуда исчезнуть.
Можно прямо из командной строки Gruba его найти и загрузить.

При появление меню Grub нажать английскую c и войти в его командную строку. Станет доступна команда help. В командной строке Grub, как и в обычной, работает автодополнение. Если недостаточно встроенной справки, есть много информации в Интернете, лучше с ней ознакомиться заранее.

tyrnov, внимательно почитайте описание опций genkernel. Все конфигурационные файлы ядер он сохраняет где-то в /etc/genkernel, используйте их совместно с опцией --oldconfig и --menuconfig, тогда у вас появится возможность используя старый конфигурационный файл, внести в него изменения.
Покажите, из под LiveCD, содержимое директорий /mnt/boot и /mnt/lib/modules, файла /mnt/boot/grub/grub.conf

livecd ~ # ls /mnt/gentoo/boot/
System.map-genkernel-x86_64-2.6.34-gentoo-r12  initramfs-genkernel-x86_64-2.6.34-gentoo-r12
boot                                           kernel-genkernel-x86_64-2.6.34-gentoo-r12
grub                                           lost+found

Тут ядро одно.

# This is a sample grub.conf for use with Genkernel, per the Gentoo handbook
# http://www.gentoo.org/doc/en/handbook/handbook-x86.xml?part=1&chap=10#doc_chap2
# If you are not using Genkernel and you need help creating this file, you
# should consult the handbook. Alternatively, consult the grub.conf.sample that
# is included with the Grub documentation.

default 0
timeout 15
splashimage=(hd0,4)/boot/grub/splash.xpm.gz

title Gentoo Linux 2.6.34-r12
root (hd0,4)
kernel /boot/kernel-genkernel-x86_64-2.6.34-gentoo-r12 root=/dev/ram0 real_root=/dev/sda7 init=/linuxrc ramdisk=8192 udev vga=0x318
initrd /boot/initramfs-genkernel-x86_64-2.6.34-gentoo-r12

title Windows XP
rootnoverify (hd0,0)
chainloader +1

# vim:ft=conf:

tyrnov, извините, пытался разделить тему, но что-то «набедокурил», часть ваших постов потерялась.

tyrnov, покажите вывод команды после загрузки с LiveCD

lspci -k | grep ATA -A 2

livecd ~ # lspci -k | grep ATA -A 2
00:1f.1 IDE interface: ALi Corporation ULi M5288 SATA (rev 10)
        Subsystem: ABIT Computer Corp. Device 240b
        Kernel driver in use: ahci
--
03:00.0 Mass storage controller: Silicon Image, Inc. SiI 3132 Serial ATA Raid II Controller (rev 01)
        Subsystem: Silicon Image, Inc. SiI 3132 Serial ATA Raid II Controller
        Kernel driver in use: sata_sil24
        Kernel modules: sata_sil24