В двух словах (на примере RH или CentOS и не думаю, что оличаться будет в корне):

1. Набор пакетов будет зависеть от требований CMS.
2. Удобно ставить в последовательности: MySQL, Apache, PHP
3.1.  Для MySQL мне удобней работать из : --prefix=/usr/local/mysql
3.2.  Apache    --enable-module=so
3.3.  PHP (в среднем для Joomla):   
--with-gd
--with-png
--with-zlib-dir=/usr/local/lib/zlib-1.2.1
--with-ttf
--with-jpeg-dir=/usr/local/lib/jpeq-6b/
--with-freetype-dir=/usr/local/lib/freetype-2.1.9
--with-xpm-dir=/usr/x11r6/
4. Прверка и правка конфигов:
4.1. в httpd.conf должна появиться строка: LoadModule php5_module modules/libphp5.so
4.2. прописать в httpd.conf: AddType application/x-httpd-php .php
4.3.  подправить httpd.conf: DirectoryIndex index.php index.html index.htm
5. Не забудь прописать автоматический запуск mysql и apache
6. скопировать php.ini-dist в /usr/local/lib/php.ini и в нем раскоментарить и указать параметр:
session.sav_path="/tmp"
7.можно копироать файлы CMS , только не забывай менять пользователя домашнему каталогу html документов: chown -R user /usr/local/apache2/htdocs
user- пользователь, которым запускается демон httpd - он определен в httpd.conf

Хм.. предыдущий оратор явно не про Gentoo думал, когда ответ писал =).

Флаги каждый сам расставляет так как нужно. Приведу пример того, как собрано на моем домашнем сервере:

[ebuild     R ] www-servers/apache-2.2.16 USE="ssl threads -debug -doc -ldap (-selinux) -static -suexec" APACHE2_MODULES="actions alias auth_basic authn_alias authn_anon authn_dbm authn_default authn_file authz_dbm authz_default authz_groupfile authz_host authz_owner authz_user autoindex cache cgi%* cgid%* dav dav_fs dav_lock deflate dir disk_cache env expires ext_filter file_cache filter headers include info log_config logio mem_cache mime mime_magic negotiation rewrite setenvif speling status unique_id userdir usertrack vhost_alias -asis -auth_digest -authn_dbd -cern_meta -charset_lite -dbd -dumpio -ident -imagemap -log_forensic -proxy -proxy_ajp -proxy_balancer -proxy_connect -proxy_ftp -proxy_http -substitute -version" APACHE2_MPMS="-event -itk -peruser -prefork -worker" 0 kB

[ebuild     R ] dev-db/mysql-5.1.51  USE="community perl ssl -big-tables -cluster (-debug) -embedded -extraengine -latin1 -max-idx-128 -minimal -pbxt% -profiling (-selinux) -static -test% -xtradb% (-berkdb%*)" 0 kB

[ebuild  R   ] dev-lang/php-5.3.4 USE="apache2 bcmath berkdb bzip2 cli crypt ctype curl fileinfo filter gd gdbm hash iconv json kerberos mysql nls pdo phar posix readline session simplexml snmp soap sockets ssl sysvipc threads tokenizer truetype unicode xml xmlreader xmlrpc xpm zip zlib -adabas -birdstep -calendar -cdb -cgi -cjk -curlwrappers -db2 -dbmaker -debug -doc -embed -empress -empress-bcs -enchant -esoob -exif -firebird -flatfile -fpm -frontbase -ftp -gd-external -gmp -imap -inifile -interbase -intl -iodbc -ipv6 -kolab -ldap -ldap-sasl -libedit -mssql -mysqli -mysqlnd -oci8 -oci8-instant-client -odbc -pcntl -pic -postgres -qdbm -recode -sapdb -sharedext -sharedmem -solid -spell -sqlite -sqlite3 -sybase-ct -tidy -wddx -xmlwriter -xsl" 0 kB