И то и другое есть сервера LDAP. Однако, 389-DS - продукт, поддерживаемый и развиваемый в настоящее время Red Hat'ом. openLDAP - поддерживается сообществом. По протоколу обмена - продукты совместимы полностью и совершенно не привязаны к клиентам (осям) на юзерских машинах. Поэтому второй вопрос смысла не имеет.
389-DS содержит в себе достаточно продвинутую гуевую консоль управления. По дефолту поднимается в типовой конфигурации элементарно. И сразу готов к работе.
Однако... По структуре данных (дефолтных) 389-DS построен на несколько иной LDAP-схеме. Например, схемы для самбы для 389-DS и openLDAP - несколько различны.  И это надо учитывать, если хочешь подвязать самбу к 389-DS.
Ну и есть определенные заморочки (пока не разобрался как) в подключении к типовым объектам схемы 389-DS новых свойств.
Например, есть там поля телефон и факс. А мне нужно иметь 2 поля телефон и одно - факс. Вот как добавить второй телефон... И при этом сохранить штатную гуёвность, ориентированную на типовую схему...

нет нельзя.
semperN, если у вас сеть построена на ms windows, то переезд на СПО или подобное ему, будет очень болезненным.

Встречный вопрос, чем вас AD так не устроил то?

Дело в том что компьютер на котором стоит windows server 2003 и соответственно  AD старый(обычный компьютер на pentium 4 одно ядерный но HT и 1 гигом оперативки). У него стали наблюдатся различные сбои. Раз в две недели в выходные дни обычно он бонально отрубается. (БП менял плюс он работает через ИБП провереный который держит 10 минут без питания от сети). И вот тут я решил что нужно бы его потихоньку переносить на другой компьютер. Имеется один компьютер который работает в роли шлюза на fedora 12. И как бы подумал может на него переносить.

semperN, 1С + ваше ПО как будете прикручивать к серверу? Об этом подумали?

да

у вас их будет => 100 и здесь ручками настраивать?

А сервак 1С висит на клиенте у бухгалтера. А МИС статистика на "серваке" отдельном windows server 2008 R2 но он сильно загружен и входит в другой домен который объеденен со всеми больницами моей республики. Все работники статисты к нему подключаются как удаленая сессия. rdp

Так значит все таки можно перейти на открытый контроллер домена? Какой лучше выбрать посоветуйти? openLDAP или же 389-ds?
Что бы знать какой начать изучать и по тихоньку тестировать.

Все ручками придется делать. Я уже две попытки дела, пока безуспешно. Пару компов вводил в домен для проверки, но потом возвращал по разным причинам.

Не пробовал, но мне кажется он более дружественный.

Не знаю что даже и делать... Думаю все таки начать разбирать 389-ds и попробовать выпросить дениги у бухгалтерии на новый компьютер и туда перенести AD. Может еще когда нибудь samba4 выйдет..

Я бы сделал чуть иначе - выпросил бы деньги на новый компьютер, на него поставил бы тот линукс, который тебе ближе, а в нем, в виртуальной машине - поднял бы вынь с AD. Если, конечно, от выни кроме как поддержка AD ничего больше не требуется.
У меня на одном ихз серверов в виртуалке XP болтается и в ней по расписанию разные виндовые роботы отрабатывают, 1С обслужить, Кодекс обновить и так далее. 
Ну и еще одно соображение - права доступа юзерей на ресурсы файлового сервера. Если тебя устраивает классическая юниксовая триада для этого - то самба нормально это дело потянет. А вот если потребуются всякие дополнительные навороты в стиле прав WindowsNT или NovelNetware.... Да и  особого прироста по скорости доступа к самбовым ресурсам не жди. Вынь отработает здесь быстрее, а новель - еще быстрее.

qemu+kvm или virtualbox =)

Интересный у вас тут диалог развернулся. А кто нибудь пробовал использовать samba 4 alpha 16? На форумах других люди некоторые пишут что работает стабильно. А Вы как считаете? Кто нибудь пользуется?