Скорее всего сами поправили, а изменения вступили только при перезапуске иксов.
Например /etc/X11/xinit/xinitrc присутствует строчка xrdb -merge "$userresources"
Где переменная userresources=$HOME/.Xresources
Вполне понятно, что как раз данная команда и определяет внешний вид и выполняется один раз при запуске иксов.
т.е. можно внешний вид определить выполнив в ручную эту команду c указанием пути к файлу, в результате изменения будут применены без перезапуска иксов.

Получается способов прописать это может быть довольно много, например можно прописать в скрипте, который можно поставить в автозагрузку, таким образом можно задать для каждого оконного менеджера свои цвета.