1

Гуглил, смотрел здешний FAQ (там был ответ, помеченый 2006-м годом) но ответа не нашел.
Как сделать приоритет основного дерева выше оверлеев?

2

AFAIK никак, управление ПО ведётся на основе версий и keyword'ов... ИМХО это намного логичней, чем дебиановская система.
В новых версиях portage можно насильно указывать источник, откуда устанавливать пакет через двойное двоеточие, если нужна версия из конкретного места.

95% процентов проблем находятся между клавиатурой и стулом.

3

Как вариант - совет в этом посте:
Приоритеты оверлеев
Ну и целиком ветку можно почитать.

4

Тогда другой вопрос:

Можно ли не подключая оверлей сделать симлинк на какой либо ебилд из него?

5

ranlid, можно создать свой локальный оверлей. куда-нить в /usr/local/portage, например (путь может отличаться)
не забыть добавить строку PORTDIR_OVERLAY в make.conf

а туда ебилды можно хоть копировать. зачем симлинки создавать? и будет работать =)
и можно самому руками устаревшие оттуда удалять, новые закидывать.