Выходит что разницы нет, только если portage заранее скачан, тот первый вариант лучше, тогда при подключении к интернету после установки надо просто досинхронизировать, то есть сделать
emerge - sync
Если уж совсем точно, то надо сделать:
(chroot) # cd /usr
(chroot) # wget http://ftp.osuosl.org/pub/funtoo/funtoo-current/snapshots/portage-current.tar.xz
(chroot) # tar xf portage-current.tar.xz
(chroot) # rm portage-current.tar.xz
(chroot) # cd /usr/portage
(chroot) # git checkout funtoo.org
(chroot) # emerge --sync
