Если я так понимаю это какой то готовый liveUSB gentoo,
то просто можно смонтировать образ файловой системы squashfs и скопировать содержимое.
создается так же файл нужного размера, форматируется в нужную фс и копируется на жесткий диск(допустим это будет home.squash)

далее можно просто добавить в загрузку скрипт монтирования (лично мне нравится по LABEL нежли по UUID тогда без проблем переносится на другую флэшку)
скрипт mount_home

#!/sbin/runscript

start() {
    mkdir /mnt/home
    mount LABEL=<label> -t vfat /mnt/home #это если находится на фат
        mount -o loop -t <тип фаловой системы> /mnt/home/home.squash /home/user
}

stop() {
    umount /home/user &&\
        umount /mnt/home &&\
        rm -rf /mnt/home
}

можно использовать в место файла просто раздел для директории пользователя.
Конечно я описал не подробно, но все таки думаю должно быть понятно в общем смысле что нужно сделать.
Как создать заново образ squashfs это уже все написано до меня, его нужно заменить.

Упс в название файла home.squash не соответствует типу ФС, его привел просто ради примера, а так там должно быть что то типа ext4,ext3,reiserfs
Просто тут вопрос по сохранению пользовательских данных, тем более в squashfs в  качестве корня умещается больше программ.
получается необходимый инструментарий всегда под рукой.

Индустриальный Эльф, нужно просто установить генту на флэшку из stage3 по хэндбуку. Точно также, как и на раздел жесткого диска. Ничего необычного.