Более менее разобрался, чтобы виджет не обрезался снизу, нужно добавить пустых строк, так увеличится высота окна, чтобы не отображался поверх окон, нужно в параметре own_window выставить значение yes, чтобы виджет не мигал при клике по рабочему столу надо в параметре own_window_type выставить значение normal. Но теперь, у окна виджета образуется тень.
UPD
Что бы убрать тень от окна conky, которую оказывается добавляет compiz надо:
Перейти по пути CCSM > Effects > Window decoration
В поле Shadow windows вписать (any) & !(class=Conky). Результат виден сразу.