Из известных ограничений сразу могу сказать что нельзя ставить параллельно репозитарий Pacman и VLC.
Соглашусь. Несколько лет назад использовал одновременно оба репозитория, пока не запутался окончательно в библиотеках, в конце концов перешел на использование только Packman, никаких проблем не возникает.
